Kontrole podatkowe w handlu, IT, nieruchomościach i e-commerce. Co naprawdę sprawdza KAS?

Analiza może rozpocząć się przed pierwszym pismem

W sensie prawnym kontrola rozpoczyna się dopiero w sposób określony w przepisach. Wcześniej może jednak trwać analiza ryzyka i typowanie podmiotu do dalszych czynności. KAS oficjalnie potwierdza, że wykorzystuje w tym celu narzędzia analityczne oraz dane pochodzące między innymi z JPK i STIR. ^[2]

Administracja może zestawiać informacje z JPK_VAT, deklaracji podatkowych, STIR, informacji TPR i międzynarodowej wymiany informacji podatkowych, w tym systemów DAC i CRS. Od 2026 r. znaczenie mają również faktury znajdujące się w KSeF, w zakresie objętym kolejnymi etapami obowiązkowego stosowania systemu. Harmonogram przewiduje etapowe wdrażanie obowiązku od 1 lutego i 1 kwietnia 2026 r., z rozwiązaniami przejściowymi dla najmniejszych podatników. ^[3]

Analiza może ujawnić różnice między sprzedażą wykazaną przez firmę a danymi jej kontrahentów, nietypowy wzrost zwrotów VAT, powtarzające się korekty, brak faktury w ewidencji dostawcy albo przepływy finansowe niewspółmierne do zadeklarowanej działalności. Nie każda rozbieżność oznacza naruszenie prawa. Może wynikać z różnic w momencie ujęcia transakcji, korekt, płatności częściowych, kompensat albo zwykłego błędu. Ryzyko rośnie jednak wtedy, gdy kilka niezależnych źródeł wskazuje na tę samą niezgodność, a firma nie potrafi jej szybko i spójnie wyjaśnić.

Mniej kontroli celno-skarbowych, ale wyższe ustalenia

Dane KAS za 2025 r. potwierdzają coraz bardziej selektywny charakter kontroli. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła z 7043 w 2024 r. do 5113 w 2025 r., czyli o 27,4 proc. Jednocześnie kwota ustaleń dokonanych w ich toku wzrosła z 4,45 mld zł do 6,52 mld zł, czyli o 46,4 proc. ^[1]

Liczba kontroli podatkowych również spadła, z 9829 do 8722. Wzrosła natomiast liczba czynności sprawdzających. Łącznie KAS przeprowadziła w 2025 r. blisko 2,64 mln działań weryfikacyjnych, a kwota ustaleń z kontroli i czynności sprawdzających zwiększyła się z 14,76 mld zł do 19,05 mld zł. Nie oznacza to mniejszej aktywności administracji. Organy częściej rozpoczynają od analizy danych i czynności sprawdzających, a kontrolę wszczynają wtedy, gdy wcześniejsza weryfikacja wskazuje na istotne ryzyko nieprawidłowości. ^[1]

Handel - kontrola całego łańcucha dostaw

W firmach handlowych faktura jest zazwyczaj dopiero początkiem analizy. Organ może badać, czy towar rzeczywiście istniał, skąd pochodził, gdzie był magazynowany, kto organizował transport i ponosił jego koszty oraz czy transakcja miała uzasadnienie gospodarcze. Znaczenie mogą mieć zamówienia, korespondencja handlowa, dokumenty CMR, listy przewozowe, potwierdzenia magazynowe, dokumentacja ubezpieczenia transportu, protokoły odbioru, potwierdzenia zapłaty i dokumenty dotyczące dalszej sprzedaży.

Szczególnej uwagi wymagają dostawy wewnątrzwspólnotowe. Stawka 0 proc. dla WDT zależy nie tylko od wystawienia faktury, lecz także od spełnienia warunków dotyczących statusu nabywcy, wywozu towaru do innego państwa członkowskiego oraz posiadania wymaganych dowodów. Znaczenie ma również prawidłowe wykazanie transakcji w informacji podsumowującej.

Podwyższone ryzyko mogą generować zakupy od nowych dostawców, nietypowo korzystne ceny, nagłe zmiany rachunków bankowych, płatności na rzecz podmiotów trzecich oraz obrót towarami łatwymi do dalszej odsprzedaży, takimi jak elektronika, paliwa, stal lub złom.

W przypadku zakwestionowania rzetelności dostawcy spór często dotyczy dochowania należytej staranności. Trybunał Sprawiedliwości UE przyjmuje, że prawo do odliczenia VAT może zostać zakwestionowane, jeżeli na podstawie obiektywnych okoliczności zostanie wykazane, że nabywca wiedział lub powinien był wiedzieć o związku transakcji z oszustwem VAT. Sama nieprawidłowość po stronie dostawcy nie wystarcza automatycznie do odmowy odliczenia. Takie stanowisko potwierdza między innymi wyrok TSUE z 1 grudnia 2022 r. w sprawie C-512/21. ^[4]

Pomocnicze znaczenie ma opracowana przez Ministerstwo Finansów Metodyka oceny dochowania należytej staranności przez nabywców towarów w transakcjach krajowych. Nie jest ona źródłem prawa i nie tworzy zamkniętej listy obowiązków przedsiębiorcy, ale pokazuje okoliczności uwzględniane przez urzędników. ^[5] Dobra dokumentacja powinna pozwalać odtworzyć całą operację, od wyboru kontrahenta i złożenia zamówienia, przez transport i odbiór, aż po płatność oraz dalszą sprzedaż towaru.

IT - faktura powinna mieć oparcie w rezultacie usługi

W branży IT częstym problemem dowodowym są faktury opisane wyłącznie jako usługi programistyczne, wsparcie IT albo konsulting. Lakoniczny opis na fakturze nie przesądza automatycznie o braku prawa do rozpoznania kosztu lub odliczenia VAT. Może jednak nie wystarczyć do wykazania, kto, kiedy i w jakim zakresie rzeczywiście wykonał usługę.

Znaczenie mają umowy z określonym zakresem prac, zamówienia projektowe, specyfikacje funkcjonalne, protokoły odbioru opisujące konkretny rezultat, raporty czasu pracy, historia zmian w repozytorium kodu, wpisy w systemach ticketowych i korespondencja projektowa. Dokumenty powinny dać się powiązać z konkretnym zleceniem, wykonawcą oraz okresem rozliczeniowym.

Jeżeli projekt obejmuje wytworzenie oprogramowania, trzeba również zweryfikować zasady przeniesienia autorskich praw majątkowych. Umowa powinna określać utwory lub rezultaty objęte przeniesieniem, pola eksploatacji oraz moment przejścia praw. Sam zapis o przeniesieniu wszelkich praw może nie rozwiązać problemu, jeżeli nie da się ustalić, jaki kod lub moduł został rzeczywiście wykonany i odebrany.

W przypadku współpracy z zagranicznymi wykonawcami organ może badać rozliczenie importu usług i podatku u źródła. WHT nie dotyczy automatycznie każdej płatności za granicę. Konieczna jest kwalifikacja wynagrodzenia, sprawdzenie właściwej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz warunków zastosowania zwolnienia lub obniżonej stawki.

Dodatkowe obszary ryzyka obejmują ceny transferowe w transakcjach z podmiotami powiązanymi oraz dokumentację ulg B+R i IP Box. W przypadku ulg sama innowacyjność projektu nie wystarcza. Potrzebna jest ewidencja pozwalająca wyodrębnić działalność badawczo-rozwojową, kwalifikowane koszty i dochody przypisane do określonych praw własności intelektualnej.

W modelach B2B może być analizowany rzeczywisty sposób wykonywania umowy. Sama nazwa kontraktu nie przesądza o jego charakterze. Znaczenie mają podporządkowanie, miejsce i czas wykonywania pracy, odpowiedzialność, ryzyko gospodarcze oraz możliwość korzystania z zastępcy. W zależności od okoliczności sprawa może dotyczyć obowiązków płatnika PIT, a odrębnie także kompetencji ZUS, Państwowej Inspekcji Pracy i sądu pracy.

Nieruchomości - jedna transakcja i kilka podatków

Sprzedaż nieruchomości wymaga równoczesnej oceny skutków w VAT, CIT albo PIT oraz relacji między VAT i PCC. Transakcja opodatkowana VAT co do zasady nie podlega PCC. Art. 2 pkt 4 ustawy o PCC przewiduje jednak wyjątki dotyczące między innymi sprzedaży nieruchomości zwolnionej z VAT. Dlatego kwalifikacji nie można ograniczać do jednego podatku. ^[7]

W VAT znaczenie mają status gruntu, sposób wykorzystania nieruchomości, pierwsze zasiedlenie, okres od pierwszego zasiedlenia do sprzedaży, prawo do odliczenia podatku przy nabyciu oraz wydatki poniesione na ulepszenie. Zgodnie z art. 2 pkt 14 ustawy o VAT pierwsze zasiedlenie obejmuje oddanie budynku, budowli lub ich części do użytkowania pierwszemu nabywcy lub użytkownikowi, a także rozpoczęcie użytkowania na potrzeby własne. Może nastąpić po wybudowaniu albo po ulepszeniu, jeżeli wydatki na ulepszenie w rozumieniu przepisów o podatkach dochodowych wyniosły co najmniej 30 proc. wartości początkowej. ^[6]

Próg 30 proc. nie odnosi się do każdego remontu i nie jest liczony od wartości rynkowej nieruchomości. Konieczne jest ustalenie, czy poniesione nakłady stanowiły ulepszenie w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym. Istotne jest również to, kiedy po ulepszeniu rozpoczęto użytkowanie nieruchomości i jaki okres upłynął do jej sprzedaży. Zasady pierwszego zasiedlenia były przedmiotem wyroku TSUE z 16 listopada 2017 r. w sprawie C-308/16 Kozuba Premium Selection. ^[8]

Przy sprzedaży majątku prywatnego przez osobę fizyczną należy dodatkowo ustalić, czy sprzedający działa jako podatnik VAT. Sama liczba sprzedanych działek nie zawsze przesądza o prowadzeniu działalności gospodarczej. Ocenia się całokształt aktywności, w tym uzbrojenie terenu, podział nieruchomości, działania marketingowe i sposób zorganizowania sprzedaży.

Organy analizują również źródła finansowania inwestycji, rozliczenie kosztów, powiązania między uczestnikami transakcji oraz rzeczywisty zakres usług budowlanych, pośrednictwa i zarządzania projektem. Przy inwestycjach wieloetapowych dokumentacja powinna umożliwiać przypisanie kosztów i przychodów do konkretnych nieruchomości oraz etapów przedsięwzięcia.

E-commerce - sprzedaż widoczna z kilku źródeł

Sklep internetowy powinien zakładać, że informacje o jego sprzedaży mogą pochodzić równocześnie z księgowości, platformy sprzedażowej, operatora płatności, KSeF, systemu magazynowego oraz zagranicznej administracji podatkowej.

DAC7 nie wprowadził nowego podatku. Nałożył natomiast na operatorów platform cyfrowych obowiązki dotyczące gromadzenia i raportowania informacji o określonych sprzedawcach. W zakresie sprzedaży towarów raportowaniu podlega sprzedawca, któremu platforma umożliwiła wykonanie w roku co najmniej 30 transakcji albo któremu wypłacono lub uznano wynagrodzenie przekraczające równowartość 2000 euro. Wyłączenie dotyczy więc sprzedawcy, który jednocześnie wykonał mniej niż 30 transakcji i nie przekroczył limitu 2000 euro. W przypadku usług osobistych, udostępniania nieruchomości lub środków transportu raportowanie może obejmować sprzedawcę już od pierwszej transakcji. ^[9]

Dane z platform nie rozstrzygają jeszcze, czy powstał podatek. Pozwalają jednak porównać wartość i liczbę transakcji z deklaracjami, ewidencją działalności oraz informacjami przekazanymi przez sprzedawcę.

Kolejnym źródłem jest CESOP. Od 2024 r. określeni dostawcy usług płatniczych raportują płatności transgraniczne, jeżeli w danym państwie członkowskim zrealizują w kwartale więcej niż 25 płatności na rzecz tego samego odbiorcy. Dane krajowe są następnie przekazywane do centralnego unijnego systemu informacji o płatnościach. ^[10]

Kontrola e-commerce może objąć miejsce opodatkowania sprzedaży, stawki VAT, fiskalizację, zwroty, rabaty, sprzedaż przez marketplace oraz przemieszczenia towarów między magazynami w różnych państwach.

Unijny próg 10 000 euro nie dotyczy całej sprzedaży internetowej. Obejmuje łączną wartość wewnątrzwspólnotowej sprzedaży towarów na odległość oraz określonych usług telekomunikacyjnych, nadawczych i elektronicznych B2C. Ma zastosowanie przy spełnieniu ustawowych warunków, w tym posiadaniu siedziby tylko w jednym państwie członkowskim. Po przekroczeniu progu miejscem opodatkowania jest zasadniczo państwo konsumpcji. OSS jest uproszczeniem umożliwiającym rozliczenie tego podatku w jednym państwie, a nie odrębnym podatkiem. ^[11]

IOSS dotyczy sprzedaży na odległość towarów importowanych z państw trzecich w przesyłkach o wartości nieprzekraczającej 150 euro, z wyłączeniem towarów akcyzowych. ^[12] Trzeba również ustalić, czy platforma jest dla celów VAT uznanym dostawcą. Może to nastąpić między innymi przy ułatwianiu sprzedaży importowanych towarów w przesyłkach do 150 euro albo określonych dostaw dokonywanych przez sprzedawcę niemającego siedziby w UE. Nie każda sprzedaż przez marketplace prowadzi jednak do zastosowania tej konstrukcji.

Najczęstszym źródłem problemów jest brak spójności pomiędzy platformą sprzedażową, operatorem płatności, magazynem, systemem zwrotów i księgowością. Każdy z tych systemów może stosować inną datę, walutę lub sposób ujmowania rabatów. Różnice powinny być opisane i możliwe do uzgodnienia.

Jak przygotować firmę do kontroli

Najlepszym momentem na przygotowanie jest okres, w którym kontrola jeszcze się nie rozpoczęła. Przegląd powinien objąć zgodność danych, nietypowe transakcje, dokumentację kontrahentów, dowody wykonania usług oraz rozliczenia transgraniczne.

Nie należy tworzyć dokumentów z datą wsteczną ani modyfikować istniejących dowodów. Jeżeli dokumentacja jest niepełna, trzeba opisać stan faktyczny i zebrać istniejące dowody z innych źródeł, takie jak korespondencja, potwierdzenia płatności, dane systemowe lub dokumenty przewozowe.

• uzgodnienie sprzedaży, płatności, magazynu, księgowości, JPK i KSeF
• identyfikacja nietypowych transakcji i powtarzających się korekt
• sprawdzenie dokumentacji kontrahentów i przebiegu dostaw
• uzupełnienie istniejących dowodów wykonania usług niematerialnych
• weryfikacja rozliczeń transgranicznych, OSS, IOSS, WHT i cen transferowych
• ustalenie osoby odpowiedzialnej za kontakt z organem oraz zasad obiegu pism
• przygotowanie chronologii zdarzeń i spisu dokumentów dotyczących najważniejszych transakcji

Zawiadomienie, wezwanie i upoważnienie to różne pisma

Nie każde pismo z urzędu oznacza wszczęcie kontroli. Może rozpoczynać czynności sprawdzające, stanowić wezwanie w postępowaniu albo zawiadamiać o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. Rodzaj procedury wpływa na uprawnienia organu, terminy i prawa podatnika.

Kontrola podatkowa jest co do zasady poprzedzana zawiadomieniem. Zgodnie z art. 282b Ordynacji podatkowej wszczyna się ją nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Wcześniejsze rozpoczęcie wymaga zgody kontrolowanego. Ordynacja podatkowa przewiduje jednak w art. 282c przypadki, w których zawiadomienia się nie doręcza. ^[13]

Kontrola celno-skarbowa nie wymaga wcześniejszego zawiadomienia. Zgodnie z art. 62 ustawy o KAS co do zasady rozpoczyna się z dniem doręczenia kontrolowanemu upoważnienia do jej przeprowadzenia. W określonych ustawowo przypadkach czynności mogą zostać podjęte po okazaniu legitymacji służbowej. ^[14]

Pierwsze wyjaśnienia i dokumenty często wyznaczają kierunek sprawy. Przed udzieleniem odpowiedzi należy ustalić zakres żądania, podstawę prawną, termin oraz to, czy organ oczekuje dokumentów źródłowych, zestawienia danych czy wyjaśnień. Przekazywane materiały powinny być uporządkowane, opisane i zachowane w kopii.

Pomoc w trakcie kontroli i sporu podatkowego

Jeżeli firma otrzymała zawiadomienie, wezwanie albo upoważnienie do przeprowadzenia kontroli, warto przeanalizować sprawę przed przekazaniem pierwszego pakietu dokumentów.

Kancelaria Empirium pomaga przedsiębiorcom zabezpieczyć materiał dowodowy, ocenić ryzyka podatkowe i ustalić strategię komunikacji z organem. Reprezentuje również podatników w postępowaniach przed naczelnikami urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych, dyrektorami izb administracji skarbowej oraz przed WSA i NSA.

Otrzymałeś pismo z urzędu? Skontaktuj się z Kancelarią Empirium, zanim przekażesz organowi pierwsze wyjaśnienia i dokumenty.