Stosownie do art. 32 ust. 1 ustawy VAT, w przypadku podmiotów powiązanych, gdy wynagrodzenie za dostawę towarów/nabycie usług jest:
- niższe od wartości rynkowej, a nabywca towarów lub usług nie ma pełnego prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego,
- niższe od wartości rynkowej, dokonujący dostawy towarów lub usługodawca nie ma pełnego prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, a dostawa towarów lub świadczone usługi są zwolnione od podatku,
- wyższe od wartości rynkowej, a dokonujący dostawy towarów lub usługodawca nie ma pełnego prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Organy Krajowej Administracji Skarbowej zakwestionują prawidłowość zadeklarowanej przez podatnika podstawy opodatkowania, gdy zostanie wykazane, że wartość rynkowa transakcji (kwota, jaką w celu uzyskania w danym momencie danych towarów lub usług nabywca lub usługobiorca na takim samym etapie sprzedaży jak ten, na którym dokonywana jest dostawa towarów lub świadczenie usług, musiałby w warunkach uczciwej konkurencji zapłacić niezależnemu dostawcy lub usługodawcy na terytorium kraju) odbiega od wartości uzgodnionej przez strony danej transakcji. Jeżeli zaś organ nie będzie w stanie określić rynkowej wartości transakcji (np. z uwagi na brak transakcji porównywalnych, przeprowadzonych przez niezależnych przedsiębiorców), punktem odniesienia stanie się kwota nie mniejsza niż cena nabycia towarów (względnie koszt wytworzenia) a w przypadku usługa całkowity koszt poniesiony przez podatnika na wykonanie tych usług. Po przeprowadzeniu postępowania podatkowego, organ Krajowej Administracji Skarbowej określi kwotę podatku naliczonego/podatku należnego zgodnie z wartością rynkową transakcji. Treść regulacji ustawy VAT odnoszących się do transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi wskazuje zatem, ze organ prowadzący postępowanie w zakresie podatku od towarów usług nie może oprzeć swojego rozstrzygnięcia na uprzednio wydanej decyzji w sprawie podatku dochodowego dla strony postępowania, z uwagi na odmienne uregulowanie zagadnienia ceny transakcyjnej w ustawach podatkowych. Można założyć taką sytuację gdy dana cena transakcyjna zastosowana przez podmioty powiązane będzie uznana za niezgodną z zasadą arm’s length stosowaną dla celów podatku dochodowego, równocześnie będzie odpowiadać rynkowej wartości transakcji, zgodnie z regulacjami ustawy o VAT.