Zgodnie z zasadą arm’s length, wyrażoną w art. 11 ustawy CIT podmioty powiązane winny ustalać warunki transakcji, zawieranych między sobą, działając tak jak podmioty niezależne. Innymi słowy, powiązania osobowe czy kapitałowe dwóch odrębnych podatników powinny pozostawać bez wpływu na warunki zawieranych transakcji. Zasada ta ma na celu zapobieżenie sytuacji, w której dany podmiot dokonuje operacji gospodarczych na warunkach jednostronnie narzuconych przez innego podatnika, co w efekcie może doprowadzić do zaniżenia dochodu (lub zawyżenia straty) podmiotu powiązanego a w efekcie wpłynąć na zaniżenie wysokości zobowiązania podatkowego. W przypadku uruchomienia przez organ administracji skarbowej procedury weryfikacyjnej (czynności sprawdzające, kontrola skarbowa, postępowanie podatkowe, kontrola celno-skarbowa) i stwierdzenia, że warunki na których została dokonana dana transakcja, odbiegają od poziomu rynkowego, organ będzie zmierzał do ustalenia okoliczności danej operacji gospodarczej bez uwzględnienia warunków, wynikających z powiązań obu podmiotów. Oznacza to, że dla wyliczenia dochodu/straty podatnika za rok podatkowy zostanie przyjęta taka wartość ceny transakcyjnej, jaką ustaliłyby dwa podmioty, działające w pełni niezależnie. Postępowanie wyjaśniające w głównej mierze polega na analizie dokumentacji cen transakcyjnych, przedłożonej przez podatnika. Zgodnie z art. 9a ust. 4 ustawy o CIT oraz art. 25a ust. 4 ustawy o PIT, na żądanie organów podatkowych podatnicy są obowiązani do przedłożenia dokumentacji cen transferowych w terminie 7 dni od dnia doręczenia żądania tej dokumentacji przez te organ. Otrzymana dokumentacja, zawierająca elementy wskazane w ustawach podatkowych, poddawana jest ocenie pod kątem weryfikacji, czy opisywane transakcje z podmiotami powiązanymi zostały zawarte przy uwzględnieniu zasady arm’s length. W przypadku uznania przez organ prowadzący postępowanie podatkowe, że w wyniku przyjęcia narzuconych warunków transakcji z podmiotem powiązanym podatnik osiągnął niższy dochód (wyższa stratę) niż miało by to miejsce w transakcji z podmiotem niezależnym, wówczas podatnik może złożyć dobrowolną korektę zeznania podatkowego, uwzględniająca ustalenia postępowania podatkowego. W przeciwnym wypadku organ podatkowy wydaje decyzję określającą wysokość zaległości podatkowej (ew. zmniejszającą stratę). Zgodnie z zasadą dwuinstancyjności, od decyzji wydanej przez organ pierwszej instancji służy odwołanie do organu odwoławczego, w terminie 14 dni od daty doręczenia decyzji Stronie. Wyjątkiem od tej zasady jest przypadek, gdy Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego wydaje decyzję na skutek przekształcenia uprzednio wszczętej kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. W tej sytuacji, stosownie do art. 221a § 1 ustawy –Ordynacja podatkowa odwołanie od decyzji rozpatruje ten sam organ podatkowy, który wydał zaskarżoną decyzję. Niezależnie od wniesienia odwołania, na podatniku ciąży obowiązek zapłaty podatku, określonego w decyzji wymiarowej, wraz z należnymi odsetkami za zwłokę.
Należy zaznaczyć, ze możliwość weryfikacji rozliczeń podatkowych danego przedsiębiorcy nie jest nieograniczona w czasie. Dla postępowań podatkowych w zakresie cen transferowych znajdują zastosowanie ogólne zasady przedawnienia zobowiązań podatkowych, wyrażone w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z przywołanym przepisem, zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Oczywiście w realiach konkretnej sprawy mogą zaistnieć przesłanki zawieszenia bądź przerwania biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego, których szczegółowe omówienie pozostaje poza zakresem niniejszej pracy.
Warto zaznaczyć, że postępowania podatkowe w zakresie cen transferowych zyskują na znaczeniu i stają się jednym z priorytetów Krajowej Administracji Skarbowej. Z danych opublikowanych przez ministerstwo Finansów w dniu 8 marca 2018 r. wynika, że cyt.:
w roku 2017 r. MF koordynowało ponad 150 kontroli i postępowań prowadzonych przez US i UCS z zakresu cen transferowych i agresywnej optymalizacji podatkowej. Przewidywane ustalenia w zakresie CIT obejmują: zaniżenie zobowiązania podatkowego na kwotę 635 mln zł, zmniejszenie straty o 1 300 mln zł.
Powyższe dane wskazują na istotny wzrost liczby prowadzonych postępowań, w porównaniu z latami ubiegłymi.