Jeżeli w wyniku rozliczeń między podmiotami powiązanymi zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą niezależne podmioty, i w wyniku tego podatnik nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, organ podatkowy oszacuje dochód podatnika bez uwzględnienia warunków wynikających z tych powiązań. W przypadku przedłożenia przez podmiot kontrolowany dokumentacji cen transferowych na żądanie organu prowadzącego postępowanie, a następnie zakwestionowania zadeklarowanej podstawy opodatkowania, różnica między dochodem wskazanym przez podatnika w zeznaniu podatkowym a dochodem określonym przez organ opodatkowana zostanie według stawki 19 %. Przepisy ustaw podatkowych (art. 19 ust. 4 ustawy CIT oraz art. 30d ust. 1 ustawy PIT) przewidują również możliwość opodatkowania przedmiotowej różnicy, przy zastosowaniu stawki sankcyjnej – 50 %. Owa podwyższona stawka podatkowa będzie miała zastosowanie w sytuacji, gdy podatnik nie przedłoży dokumentacji cen transferowych na żądanie organu, sformułowane w toku jednej z dostępnych procedur weryfikacyjnych. Należy jednak podkreślić, że nieprzedłożenie dokumentacji podatkowej nie stanowi samoistnej przesłanki do zastosowania sankcyjnej stawki podatkowej . W sytuacji, gdy mimo niezłożenia dokumentacji organ nie zakwestionuje rynkowej wartości transakcji, zawartych z poszanowaniem zasady arm’s length, wówczas postępowanie podatkowe zostanie umorzone i brak stosownej dokumentacji w aktach sprawy podatkowej nie będzie rodził dla podatnika negatywnych skutków podatkowych.
Należy w tym miejscu rozważyć, czy każdy dowód, przedłożony w toku postępowania podatkowego przez Stronę, związany z zakresem postępowania, będzie miał walor dokumentacji cen transferowych, której udostępnienie chroni podatnika przed możliwością zastosowania przez organ sankcyjnej stawki podatku. Innymi słowy, czy tylko kompletna dokumentacja cen transferowych wyklucza możliwość opodatkowania według stawki 50 %. Orzecznictwo sądów administracyjnych w tym zakresie nie jest zbyt bogate. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z dnia 16 sierpnia 2010 r. stwierdził, że formalne, choć nienależyte spełnienie żądania organu podatkowego przez podatnika, polegające na przedłożeniu niekompletnej dokumentacji powoduje, że zachodzi stan faktyczny, nieuregulowany ustawami podatkowymi, zatem dwa wykluczające się stanowiska – możliwość zastosowania stawki sankcyjnej czy też brak takiej możliwości, ze względu na reakcję podatnika na żądanie organu – są ważkie i zasługują na rozpatrzenie. W mojej ocenie, w tej sytuacji zachodzi przypadek niedających się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego, zatem zgodnie z zasadą in dubio pro tributario, wyrażoną w art. 2a ustawy Ordynacja podatkowa, rozstrzygniecie tego zagadnienia winno być korzystne dla podatnika.
Zgodnie z utrwaloną linią orzeczniczą sądów administracyjnych, powszechnie aprobowaną przez doktrynę, decyzja wydana na podstawie art. 19 ust. 4 ustawy CIT (odpowiednio art. 30d ust. 1 ustawy PIT) ma charakter decyzji konstytutywnej . Zatem, stosownie do regulacji art. 68 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa musi zostać doręczona Stronie przed upływem trzech lat od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Po upływie wyżej wymienionego, trzyletniego terminu jest możliwość wydania decyzji wyłącznie określającej – przy zastosowaniu podstawowej stawki podatkowej – 19%.
